Vaan, 14 ans, et sa mère emménagent dans une nouvelle maison.
Dès la première nuit, et alors que l'adolescent s'endort, des petites créatures mystiques apparaissent dans sa chambre, accompagnées d'une mystérieuse jeune fille aux allures de fée scintillante. Cette rencontre marque pour Vaan le début d’un fabuleux voyage dans une dimension onirique, un monde merveilleux lié à celui du jeune garçon par une faille étrange.
Mais au coeur de cette dimension, dans le Pays des Yeux, les ténèbres s’éveillent, guettant le moyen de s'infiltrer dans la réalité.